截至2019年，菏泽市下辖2个市辖区、7个县。分别是，牡丹区、定陶区、曹县、单县、成武县、巨野县、郓城县、鄄城县、东明县、。
1、牡丹区
牡丹区，隶属于山东省菏泽市，位于山东省西南部，黄河下游南岸，北靠鄄城，东接郓城、巨野，南邻定陶、曹县，西与东明相连，西北一隅濒临黄河，与河南濮阳市隔河相望。
介于北纬30°39″—35°53″，东经114°48″—116°24″之间，总面积1450平方千米，东北距省会济南市220千米。
2、定陶区
定陶区，隶属山东省菏泽市，位于山东省西南部、菏泽市中部，介于东经115°20'—115°47'，北纬34°57‘’—35°15”之间。总面积846平方公里。
3、曹县
曹县是山东省菏泽市下辖县，古称曹州，位于山东省西南部，鲁豫两省八县交界处，南临商丘、民权，北接菏泽、定陶，东靠单县、成武，西濒东明、兰考；总面积1969平方公里，辖5个街道办事处，22乡镇。
4、单县
单县，古称单父，隶属于山东省菏泽市，位于山东省西南部，苏鲁豫皖四省八县交界处。因舜帝之师单卷居此而得名，大汉英后吕雉故里。
5、成武县
成武县位于山东省西南部，隶属著名的牡丹之乡菏泽市，截至2013年，总面积988.3平方公里，辖12镇、2个街道办事处和1个省级工业园区。
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