问题很多啊！
首先，这个行业属于征收营业税的范畴，不涉及缴纳增值税的企业关于小规模后一般纳税人的认定！
需要缴纳的税大概有营业税（计算方法如下）、城建税=营业税*7%、教育附加=营业税*4%，所得税=利润*25%，其他如印花税、房产税、土地使用税、车船税、个人所得税等可以咨询你的税收管理员视具体情况而定的。
根据《国家税务总局关于营业税若干问题的通知》（国税发[1995]76号）规定，代理业的营业额为纳税人从事代理业务向委托方实际收取的报酬。因此，对专业从事货运代理业务的单位，代理委托方运输货物向委托方收入的运输费、服务费等各种收入，可扣除支付给铁路、海运、航空、公路四大运输部门的运费，以及支付给港口码头、机场、铁路等有关部门的货物港务费、货物中转费、货物打包费、港口码头费、港口作业费等余额作为营业税的计税依据，按“服务业—代理业”税目依5%税率征收营业税。货代企业准予扣除项目金额自营业收入中扣除时必须取得收款方开具的套印税务机关发票监制章的发票或其他合法凭证。
对于一笔货运业务来说：
收到的运输费、服务费等各种收入为主营业务收入，
支付给铁路、海运、航空、公路四大运输部门的运费，以及支付给港口码头、机场、铁路等有关部门的货物港务费、货物中转费、货物打包费、港口码头费、港口作业费等作为主营业务成本。
例如：某货主委托甲从上海至厦门运一批货,全程运价50000元,款未付.甲委托乙船承运,运价30000元,丙码头港杂费等15000元,货到目的地,甲开给货主发票50000元.乙.丙分别开给甲运费发票30000元,港杂费15000元。
甲的营业税即它的收入（50000元-30000-15000）*5%=250
城建税=250*7%=17.5
教育附加=250*4%=10
甲的会计分录
借：银行存款（应收帐款）50000
贷：主营业务收入 50000
借：主营业务成本 45000
贷：银行存款（应付帐款） 45000
借：主营业税税金及附加 277.5
贷：应缴税费-营业税 250
贷：应缴税费-城建税 17.5
贷：应缴税费-教育附加 10
其他税费：
借：管理费用
贷：应缴税费-房产税
贷：应缴税费-土地使用税
贷：应缴税费-印花税
贷：应缴税费-车船税
代扣代缴个人所得税
借：应付职工薪酬
贷：应缴税费-个人所得税
企业所得税按季度预缴，年终汇算清缴
借:所得税费用
贷：应缴税费-企业所得税
缴税时：
借：应缴税费-营业税
借：应缴税费-城建税
借：应缴税费-教育附加
借：应缴税费-房产税
借：应缴税费-土地使用税
借：应缴税费-印花税
借：应缴税费-车船税
借：应缴税费-个人所得税
借：应缴税费-企业所得税
贷：银行存款
作为一个新接手的财务人员来说，查看以前的会计凭证、帐簿、相关报表时快速了解业务的途径！再到相关网站校在相关政策法规，以求有理论支持也是必不可少的。这些就差不多了，啊，还有诚信为本，操守为重，坚持原则，不做假账！
注意：如果涉及外币的应单独设外币帐户核算！