作为外贸代理公司，您大可不必过于操劳。指示作为工厂进出口权代理，很多费用理所当然的事情。fob下，工厂应该支付，到港口的陆运，报关，订舱等费用。
你只需要做一些传达就可以了，比如货代要收什么费用，等等。
但是，从你的表达上来看。你貌似不是外贸代理，而是外贸公司。或者是国外客户指定的中国代理----你们联系客户，信用证直接到工厂。你们的佣金是国外支付，不是国内支付。
此问题的关键点在于，国外客户是谁的客户。你们的还是工厂的。
1 工厂的客户。你们只是进出口权，付汇代理。建议不要多参与，有效的转达就好。
2 你们的客户。那么你需要一点技巧来调节这个事情。言语间不要太偏重哪一方，陆运费原则上要工厂付的，30%的索赔他都认了，一点陆运费才有多少钱啊。主要看怎么给他说了，一般都是好言相劝，说说你们两家的美好关系，说说未来的订单等。
3 滞纳 根据国家不同而异。一般一个礼拜左右。
出口代理收费要看是买单出口还是正规的代理出口了，买单出口不退税不收汇，正规的代理进出口一般收费是按照代理费+报关费，具体看货物情况而定。
一般分两种模式：一是垫付退税款，即代理公司会提前帮你垫付由海关给你的出口退税，垫税的方式价格会稍贵一些，按货值的1.2%-2.5%不等；另一种是不垫付退税款，也就是说收到外汇后扣除退税款，再付款给工厂，退税款收到后即付工厂，按出口货品货值的0.8%-1.5%不等来支付代理费。当然，运费由工厂出。很多大额的出口还可以商量的。
一、什么是对外贸易代理。
对外贸易代理，是指有外贸经营权的公司、企业，根据无外贸经营权的公司、企事业单位及个人的委托，在委托的授权范围内，以委托人或者自己的名义办理进出口业务、收取手续费、盈亏由委托人负责的外贸活动。
二、对外贸易代理有直接代理和间接代理两种。直接代理是指对外贸易经营者根据委托合同的规定，以委托人(被代理人)的名义对外谈判签订合同，对外贸易代理活动所产生的权利与义务由被代理人直接承担的对外贸易业务。间接代理是对外贸易经营者基于被代理人的委托，在代理权限内以自己的名义对外谈判签订合同，代委托人从事对外贸易活动，由此产生的权利与义务由被代理人直接承担的对外贸易业务。
法律依据
《对外贸易法》
第十三条 对外贸易经营者应当按照国务院对外贸易主管部门或者国务院其他有关部门依法作出的规定，向有关部门提交与其对外贸易经营活动有关的文件及资料。有关部门应当为提供者保守商业秘密。