1、如果是无法取得专用发票而不能申请退税，就不需要通过申报系统进行退税申报，这是需要区分两种情况，一是出口退税或免税商品，在增值税报表申报出口免税收入，二是出口不予退（免）税商品，在增值税报表申报应税销售收入，并视同内销计提销项税额。如果是暂时未取得专用发票，那么当月不用申报退税，待收到发票再申报即可。
2、出口后一至两个月收到专用发票的情况是很普遍、很正常的，只要才出口日期后90天内取得发票向税务机关申报退税就可以了，6月当期只要在增值税报表上申报免税收入即可。
3、外贸企业实行免退税政策，不是免抵退税。免的是出口销售环节增值税，退的是国内采购环节进项税额。
4、等到取得专用发票后合并申报即可。外贸企业可以合并几个月的出口数据进行退税申报，申报年月选择最晚的那个月份，即，一批申报包括2012年6月、7月、8月，那么申报年月就是2012年8月。每个申报年月可以分批次，即2012年8月第一批次，第二批次，第三批次都可以，按顺序排就可以了。
5、国内采购商品取得的专用发票上的计税金额乘以出口商品退税率。计税金额乘以征退税率之差从进项税额中转入成本科目。
对征收部门，与内销操作方法类似，只是出口销售填的地方不同，生产型的出口企业采用免抵退的核算方法、征退税率差要做相应处理。外贸型采用票票对应方法，用于出口的进项要转出。对退税部门，一是要出口登记认定，二是要下载出口申报软件，再接下去就是出口申报，出口后90天有效，生产企业每月15日前申报，外贸企业申报期内可多次申报。填制出口申报报表。出口退税涉及内容很多，不是一二句话可讲清楚，建议专门向退税部门咨询或参加专业的出口退税培训班，一般税务部门会定期举办。