木兰溪源于西苑乡仙西村黄坑，由仙潭入莆田市境。县境内航道长30余公里，沿溪有会仙、南门、坝下、石马、盖尾、杉尾等码头。雨季洪水位高达4米，枯水期为0.20米，可通行2～3吨溪船。1949年后，沿溪部分支流筑水库，建电站，导致河床淤积，水位下降，航道逐步缩短。1960年，仅坝下至仙潭15公里通航。1969年后，只有石马至仙潭10公里可以通航。由于公路运输的发展，境内溪流航道基本废弃。
兴化湾，湾口介于福清县牛头尾与莆田市石城角之间。鸡蛋岛北侧是主要航门，兴化湾水道可通三江口和江口港，水道中央有白浮屿，其两侧均可航行。湾口中央水深20米以上，向西渐浅，西部水深不及5米。湾内主要港口有三江口港、涵江港。
三江口港，历史上曾为福建省五大港口之一，与沿海各大港口均可通航， 三江口港，该港位于兴化湾西部湾顶木兰溪与涵江汇合口的新浦村，水路至上海549海里，至福州109海里，至秀屿港54海里，至泉州93海里，至厦门191海里。公路至涵江3公里，至莆田17公里，至福州98公里，至泉州105公里，至厦门207公里。港区水域从三清宫渡口前起至港口东侧码头止，长1500米，宽120米，面积18万平方米，可利用岸线150米。该港有2个附属港区，一个是美尾区，距三江口港1公里；另一个为港口上游1.5公里处的桥兜区，计共水域面积1.6万平方米。
清代，辟为对外通商口岸，和福州、厦门、泉州、三都澳列为福建五大港口。光绪十一年(1885年)停泊过乌槽大帆船。光绪二十二年，日本纪摄丸号轮船进港后，外轮接踵而至。宣统初，三江口直接与宁波通航。民国3年，进之与上海通航。民国9年，又远与大连、营口通航。民国27年广东汕头沦陷后，闽粤沿海中外通商只有三江口一港。是时，轮船进出如梭，“货物堆积，殆无余地”。1950年，尚有外国轮船入港。1958年后，只有千吨级国内轮船通航。1979年12月，该港恢复外贸运输业务。1982年，建成500吨级浮码头1座。1985年，被列为湄洲湾港的中转疏运港，其航线通及香港、汕头、厦门、福州、宁波、温州、定海、瑞安、镇江、南通、上海、大连、烟台以及东山、平潭等地。1987年，交通部拨款新建2个500吨级杂货码头，年吞吐能力15万吨，有8吨电吊2部，3吨汽车吊和叉车各1部，仓库800平方米，堆场2000平方米；还建有300吨级油码头1座，输油管线100多米。1993年，涵江区拨款在杂货码头上游增建300吨级客运码头1座，承担涵江至南日岛的客运业务。1994年，该港吞吐量29.89万吨，是涵江区主要的水上运输门户。
木兰溪航道，木兰溪干流全长105公里，为莆田市第一大河。宋熙宁八年(1075)建木兰陂拦截海潮。木兰溪航道从涵江逆流而上，经华亭、杉尾、石马、坝下达仙游城关，全长62.5公里，陂头以上的中游可通航2～3吨溪船，下游可通航3～4吨溪船。建国后，木兰溪上游沿岸筑水库、建电站、修公路，导致水位下降，航程缩短。1967年后，只有石马至油潭10公里可通航(今亦停航)。
南北洋航道，俗称“九十九沟”，是木兰溪下游南北洋支渠航道，总长400公里左右，通航河道381公里，其中南渠长161公里、北渠长220公里。全年2～4吨沟船均可通航。其中，小汽船航道4条，长42公里。涵江至梧塘、涵江至城关两线全年可航小汽船。枯水期，桥兜至笏石、桥兜至北高两线小汽船接力中转航行。
水库航道，1960年，东圳水库建成后，库区水面316平方公里。为方便库区四周群众的交通，开辟坝头至王宫、坝头至常太航道2条，长15公里。
通海河道，木兰陂一三江口，自木兰陂头至三江口，长28.5公里；涵江～三江口，自涵江新桥头至三江口，长5.5公里。
黄头港，位于城郊乡木兰溪北渠的下林村。水域面积900平方米，有简易码头1座，长20米，前沿水深0.8米，停泊能力5吨，为莆田糖厂专用码头。1990年吞吐量3.94万吨。
岭头尾港，位于东圳水库坝头西侧。有简易码头1个，长60米，宽6米，前沿水深52米，为东圳水库内的客运码头。泊位5个，靠泊能力15吨，航线总长15公里，年客运量20.6万人次。
涵江港，又称端明港，位于涵江市区南侧，该港有港道2条，一条为海岑前港称前港，另一条是新开河港称后港。两港道汇合为主港道，港道在三江口与木兰溪相汇后，注入兴化湾。涵江港开港于宋朝。元代后期，曾兴盛一时的莆田县白湖港和宁海港逐渐荒废，涵江港则取而代之，成为莆田的主要通商口岸。明朝永乐年间(1403～1422年)，该港盛极一时。清初海禁，涵江港一度衰微。清康熙二十年(1681年)后，海禁渐开，涵江港随之兴起，该港海轮频繁航行于天津、上海、宁波、福州、厦门、汕头、广州一带。清末，因三江口港对外开放，涵江港遂成海商聚集之地。50年代起，因该港航道年久失修，航运业务移向三江口港。1962～1966年，涵江港建有码头8个，其中客运码头1个，货运码头7个，全长330米，9个泊位，靠泊能力20～100吨。港口码头为浆砌条石重力式驳岸，港口装备有固定式起重机3台，翻斗车3辆，农用车3辆，载货摩托车7辆，胶轮车50辆，仓库17座。1987年，港口吞吐量3.83万吨，其中进口货物2.4万吨，出口货物1.4万吨。航线有至福清、至平潭、至高岐、至福州、至莆田沿海各港口。1994年，年综合通过能力3万吨。