外贸企业在认证发票时，通过增值税发票综合服务平台进行勾选，系统中有抵扣勾选和退税勾选，根据财税2012年39号文件，外贸企业内销和外销要分开核算，内销货物的进项发票选择抵扣勾选，外销货物用于退税的进项发票选择退税勾选。
在实际工作中，企业不小心把抵扣勾选发票误勾选成退税了，如何处理？
一、如果该发票还没有用于申报退税
(1)已勾选未确认的，撤销勾选并重新选抵扣勾选
(2)已经勾选确认了，在退税申报系统中填写《进货凭证信息回退申请表》生成电子申报数据在出口退税综合服务平台中进行申报，待税局审批后，重新对该发票做抵扣勾选。
操作步骤分单机版和网页版
单机版流程：
把这个xml文件发到电子税务局做自检后确认申报即可
以升级后新版电子税务局为例
我要办税-出口退税管理
审批通过后，一周左右登录增值税发票综合服务平台，重新做抵扣勾选即可。
网页版流程：登录电子税务局-我要办税-出口退税管理
审批通过后，一周左右登录增值税发票综合服务平台，重新做抵扣勾选即可。
二、如果该发票已用于申报退税
发生退运等需要转内销处理，只能开具出口货物转内销证明，然后到抵扣勾选-出口转内销发票勾选，勾选该发票进项抵
出口型生产企业怎么勾选进项
法律分析：出口退税发票要上传到退税系统需要一段时间，有些发票可能会2个月才能传到退税系统里。退税系统要有勾选发票才可以退税。
法律依据：《中华人民共和国刑法》 第二百零五条 虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；
虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
有前款行为骗取国家税款，数额特别巨大，情节特别严重，给国家利益造成特别重大损失的，处无期徒刑或者死刑，并处没收财产。
亲，您好很高兴为您解答:出口型生产企业怎么勾选进项?答:生产型出口退税企业的进项发票和内销一样“抵扣勾选”勾选认证。外贸型出口退税企业的进项发票勾选是选择“退税勾选”进出口商贸企业专票认证勾选操作:首先，电脑接入金税盘或税控盘，登录增值税勾选确认平台，进行发票勾选。由于进项勾选与退税勾选都在这个平台上，因此在做出口退税发票勾选时，一定要选择“退税勾选”，在退税勾选模块中进行操作，千万别选错。先进行勾选发票，根据实际情况，选择“发票退税勾选”或“退税批量勾选”，进入到勾选界面。输入筛选信息后，点击查询。在列出的发票清单中，选择需要勾选的发票，复核无误后，点击“提交”。这样，发票勾选就完成了。接下来，选择“退税确认勾选”，您会发现，刚刚已经勾选的发票信息列在了待确认清单中，再次复核勾选的发票是否是需要办理出口退税的发票，确认无误后，点击“确认”。这样，退税勾选就完成了。最后，选择“退税勾选统计”，查看退税勾选结果。建议打印退税发票统计表，与纸质发票抵扣联对应后保存，待办理出口退税业务。