先在电子口岸“出口收汇”项下-“企业交单”将已出口使用的核销单进行交单，然后3天-5天左右此笔核销单信息将会反映在收汇核销系统中，这时如果收到货款的话就可以在系统中进行核销。核销完后5天左右就可以办理出口退税的申报了。
外贸公司进出口退税申报流程：
1、外贸公司进出口退税申报系统和出口退税网，安装后根据服务器维护开展公司信息设定。
2、根据出口退税系统软件进行出入口清单申请数据信息的入录、审批。
3、获得增值发票后在税票开税票时间30天内，在“发票认证系统软件”或税务局开展发票信息验证。
4、根据出口退税系统软件进行拿货清单申请数据信息的入录、审批。
5、根据系统软件中“数据处理方法”的“拿货出入口总数关系查验”和“换汇成本查验”后转化成预申请数据信息。
6、在网上预申请和查看审批意见反馈。
7、在申报系统中入录报关单证办理备案数据信息。
8、审批根据后，开展宣布申请，把预申请数据信息确定到宣布申请数据信息中。
9、复印出入口清单申报单、拿货清单申报单、进出口退税申请明细表各2份；并转化成出口退税申请硬盘，硬盘中应当有12个文档，并在转化成好的出口退税硬盘上写上公司的名字和海关代码。
10、提前准备出口退税申请材料，到出口退税科宣布申请出口退税；（必须在出入口时间算起90天内开展宣布申请）