统一台湾是施琅一贯的主张，因为他看到了统一台湾对祖国安危的重要性。从1664年（康熙三年）开始，施琅就建议进军澎湖、台湾，使四海归一。在他因飓风所阻，两次进军澎湖、台湾失败后，仍矢志统一台湾，再次上疏要求征台。施琅反对清政府的迁界禁海政策，指出这一政策不合于“天下一统”，又影响财政收入，应尽快“讨平台湾”，“百姓得享升平，国家获增饷税”。清政府当时没有采纳他的意见，将他调入京师为官。在京期间，他一面继续上疏征台，争取康熙帝的支持；一面广交朝中大臣，争取他们对统一台湾事业的理解和支持。
施琅上任以后，积极训练水师，督造战船，选拔将领，全心筹措征台计划。他于1683年（康熙二十二年）六月中旬，率清军大举进攻，不久占领澎湖，刘国轩逃往台湾。清军占领澎湖后，郑克塽败局已定，但施琅却不忙于进军台湾，而是着眼于做争取郑克塽及其军队的工作。他厚待投降和被俘的郑军将士，稳定民心；同时建议朝廷“颁赦招抚”郑氏，以争取和平统一台湾。康熙帝同意他的招抚政策。郑克塽、刘国轩见施琅“无屠戮意”，也愿意归顺。从此台湾成为清朝疆域的一部分。这是继郑成功收复台湾之后，使中国疆土再次得以统一的壮举。 施琅统一台湾后，清廷内部产生了一场对台湾的弃留之争。在大臣中主张守而不弃者，居然只有少数人，即如姚启圣和施琅等。施琅是经过对台湾的亲身调查研究而据理力争的。“台湾一地，虽属外岛，实关四省之要害”，“弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉”。
更重要的是，他对西方殖民者的情况有所了解，对荷兰殖民者的侵略本性有所认识，认为“红毛”“无时不在涎贪，亦必乘隙以图”。促使康熙帝下决心留守台湾，并于1684年（康熙二十三年）设立台湾府，隶属于福建省。在闭关锁国、自以为是天朝大国的清初时期，施琅能对西方殖民者有这点初步认识，是十分难能可贵的，也是包括康熙在内的同时代人所不及的。应当说，施琅这一贡献比起他收复台湾来说，在反对西方殖民者的问题上，有着更重要的意义。 康熙帝：“粗鲁武夫，未尝学问，度量偏浅，恃功骄纵”，“将军施琅，谙熟海岛，凡事必与之共议！” “如施琅者，立如此奇勋，必令永秉节钺，荣华以终其身！” “施琅之功甚大。”
刘国轩：施琅惯熟海务，焉能不顾天时，进兵之事，不过是虚张声势。
黄叔璥《台海使槎录》引《理台末议》的记载说：“终将军施琅之世，严禁粤中惠、潮之民，不许渡台。盖恶惠、潮之地素为海盗渊薮，而积习未忘也。琅殁，渐弛其禁，惠、潮之民乃得越渡。”
郑观应：国初海寇内犯，而姚启圣、施琅、蓝理、李之芳之将才出；三藩同叛，而岳乐，穆占、赵良栋、梁化凤、王进宝之将才出；准噶内闯，而超勇亲王策凌之将才出；四部犂庭，而兆惠、明瑞之将才出；金种捣穴，而阿萨、海兰察之将才出；川楚征剿，而额勒登保、德楞泰、杨遇春、杨芳之将才出；发，捻等逆纵横扰乱，而向、张、江、塔、罗、李诸帅之将才出。
赵尔巽：台湾平，琅专其功。然启圣、兴祚经营规画，戡定诸郡县。及金、厦既下，郑氏仅有台澎，遂聚而歼。先事之劳，何可泯也？及琅出师，启圣、兴祚欲与同进，琅遽疏言未奉督抚同进之命。上命启圣同琅进取，止兴祚毋行。既克，启圣告捷疏后琅至，赏不及，郁郁发病卒。功名之际，有难言之矣。大敌在前，将帅内相竞，审择坚任，一战而克。非圣祖善驭群材，曷能有此哉？
徐珂：施襄壮公琅少有识度，膂力绝人。通阵法，尤善水战，谙晓海中风候。
萧一山：张勇、赵良栋、王进宝、孙思克奋于陕；蔡毓荣、徐治都、万正色奋于楚；杨捷、施琅、姚启圣、吴兴祚奋于闽；李之芳奋于浙；傅宏烈奋于粤；群策群力，敌忾同仇。
连横：在《台湾通史》对于施琅的评价是，“施琅为郑氏部将，得罪归清，遂籍满人，以覆明社，忍矣！琅有伍员之怨，而为灭楚之谋，吾又何诛。独惜台无申胥，不能为复楚之举也，悲夫！”
施伟青在《施琅年谱考略》中讲道：“施琅的杰出之处，恰恰就在于他肯于以六十三岁高龄，却冒波涛之险、炮火之猛、生命之危，尽管他是怀着复杂的思想动机。施琅敢言他人之不敢言，敢为他人之不敢为，这就是他高于同时代其他人之所在。当然，其时主张平台者还有一些人，但是，敢于身膺专征重任而挥师渡海者则仅他一人。”
傅衣凌：郑成功和施琅收复台湾，都是出于民族大义。施琅收复台湾，并不是为了报一家之私仇。这正可以说明，施琅之于郑成功，是同一事业的不乐意的合作者，施琅不自觉地成了郑成功的继承人。
王铎全：施琅是郑成功事业的继承者和发展者。
吴伯娅：施琅力主留台守台，巩固边防，维护统一，防止外来侵略，对国家民族作出了极其重大的贡献。他的远见卓识造福后人，流芳百世。
王政尧：实现两岸统一本身就是为发展两岸关系迈出了关键一步。为此，施琅的贡献集中表现在康熙二十二年。首先，他亲自督师，取得了澎湖之战的全面胜利；继之，在海不扬波，兵不血刃的景象中，率军进入台湾，实施了一系列重要措施，受到了台湾人民的热情欢迎，最终以和平方式结束了两岸对峙状态；在有关台湾前途的“弃留之争”的关键时刻，施琅以其亲身经历，上《恭陈台湾弃留疏》，对康熙皇帝等人产生了重要影响，充分展示了他的远见卓识。
陈在正：清政府实现了台湾与大陆的统一，这是中华民族发展史上的一个重大的历史事件。作为实现这一任务的前线军事指挥官、福建水师提督施琅，也为中华民族的发展做出了重大的贡献。
王宏志：从施琅看，他生活在明清之际，降清的时候，明朝已经灭亡。先后建立起来的几个南明小朝廷，根本成不了什么气候；而清朝生机勃勃。施琅最后选择了效力于生机勃勃的清朝，为清朝统一台湾、治理台湾以及抵御外国侵略者染指台湾等方面所作的努力，也都是有益于中国历史发展进步的。 在大陆，官方以往仅正面宣传郑成功击退荷兰殖民者“收复”台湾的事迹，对郑成功后人在台湾的统治及倾向偏安，作了忽略；对施琅也鲜有着墨，只在提及郑成功时才略带说明。自从具有台湾独立倾向的民进党籍陈水扁于2000年当选台湾地区执政以来，中华人民共和国官方出于对宣传“统一中国”的考虑，才大规模正面评价施琅，称其为维护国家统一的英雄，并在其家乡福建晋江为其塑了一尊石像。而民间往往对施琅评价具有争议。
明朝代表中国政治兴替的“正统”，而清朝则为外来的异族统治；于是，施琅作为背叛明朝、背叛郑氏的“投降派”，成了现代以来中国人最不齿的人物。因此，尽管施琅代表清朝“解放台湾 统一中国”，史学家却难以将他的形象正面化。历史叙事中的民族英雄，依然只能是保持政治气节的郑成功，而不是有违民族大义的施琅。直到1980年代，世易时移，对施琅的历史审判才开始出现翻案。 有一年，施琅母亲病重，施琅四处问药都未见功效。一日，他听说永春百丈岩马氏娘娘施药普济众生，甚是灵验，托嘱妻子照看好母亲，自己专程赶到百丈岩，其时天色已夜，当夜在百丈岩住宿，睡中入梦，他梦见马氏娘娘要他宽心，病十日内即可痊愈，正要问施什么药时，天亮了。他急忙披衣到寺堂焚香叩救赐药，一位和尚急匆匆走过来说：“敢问施主可是施琅大人？”施琅点头称是，和尚取出九包草药，教他如何煎制，顷刻间不见了。施琅急忙忙把药带回晋江，如法炮制，服过三贴药后，母亲病已有好转，再服三贴已能下床，最后服完三贴，母病即已痊愈，一家人十分欢喜，皆称马氏仙药灵验。施母病好之后，叫儿子要抽时间专程到百丈岩道谢。因当时操练水师繁忙，一拖就是半年。一个暑天中午，施琅躺在屋后龙眼树下乘凉，不知不觉睡着了，并且作了一个梦，梦中的人事物醒来仍然记得清清楚楚。第二天，他带领几个弟兄，依梦所指来到永春，询问有没有雪山岩，当得到肯定答复时，他十分惊讶，同梦里所说完全吻合。找了三天三夜，终于在山顶上的一个槽里找到它，同他梦中所见一模一样。任凭风吹雨打都不会熄灭。后来人们把巨石叫向天烛，也叫神烛！
康熙皇帝要施琅统率水师收复台湾。临战前，施琅又来到百丈岩，当他登上山腰时，猛地看见一只梅花鹿匆匆向他跑来，四下一望也没人追赶。梅花鹿在他身边绕了三圈后，拿起玉石放在施琅手上，然后又绕行三圈，沿山上跑了，一会儿就不见了。施琅拿起玉石一看，只见眼上穿着一条红线，似乎佩带，正面写一个“海”字，背面写一个“施”字，他把玉石揣在怀里，一再揣摸仍不解其意。登上马氏庙，烧了三柱香，抽了三回签，仍然不得其解，只见一位和尚告诉他：“海战时一定要佩带它”。一天，水师云集海上，一声炮响，千船竞发，向着台湾岛进军。施琅不忘把玉石挂在脖子上，紧贴怀里。邻近台湾岛时，郑军万炮齐轰、万箭齐发，海面火光冲天，此时突然海浪冲天，海水漫进船舱。施琅一面沉着指挥作战，一面亲自烧了三柱香放在船头，忽听“咣啷”一声玉石坠地，施琅突然明白过来，捧起玉石，高高地举起狠狠地往水中一掷。说来奇怪，海浪平静下去，海水碧波荡漾，水师们一鼓作气，冲杀过去，登上海岸，打得郑军落花流水，最后郑军全军覆灭，施琅收复了台湾，又一次统一了祖国。后来，有人说那梅花鹿是马氏娘娘变的，玉石是镇海石，也是镇妖石。 “三藩之乱”期间，福建主政者耿精忠与广东主政者尚之信均鼓励手下商人前往日本与东南亚贸易，以支应财政开销。台湾主政者郑经也占领福建海澄、广东南头（珠江口东北面）水域，以经营对中国的贸易。
1683年（康熙二十二年）夏季，清军水师在施琅率领下，于澎湖击败郑军。东宁明郑集团决定投降清廷“举国归命”，以免因洋米被截，导致饥荒。施琅在与英、荷两国滞台人员接触后，计划以“台湾归还荷兰”等方式，诱引英、荷两国人前往福建或台湾贸易，并以“外国贪涎”为由，力促清廷维持海禁，以达成让福建外贸商垄断中国外贸的目标。然施琅此一企图，并未获得荷兰当局支持，遂于1684年（康熙二十三年），在康熙帝坚持开海，以及福建、两广总督不予配合的多重因素下破灭。 施琅底定全台，上奏清廷建议奉台湾民间信仰的妈祖“天妃”赐晋天后（宋徽宗时期，中国朝廷已颁福建所信仰的妈祖以“正妃”称号、元朝皇帝进封“天妃”），1684年（康熙二十三年）清廷准奏，且进颁“护国庇民妙灵昭应仁慈天后”敕号，改台南宁靖王府为大天后宫，派满族大臣礼部侍郎（三品）雅虎致祭。雍正四年，皇帝又御书“神昭海表”匾，由台湾镇总兵林亮迎至天后宫敬悬，乾隆时期清廷又颁旨改官祀，天后宫之名称逐渐普及至今。
当时施琅从湄洲岛带的古妈祖黑面二妈，如今安置在鹿港天后宫，供众信徒膜拜，此尊神像已有一千年的历史，全世界仅此一尊，大陆本有两尊开基妈，但都毁于文化大革命。