1、 与顾客签订进、出口合同正本和进料耗料清单，商务局需1进1出正本，海关需要进出口合同、“进料耗料清单”正本数量与手册数量相同用于粘贴在手册上，并按手册数量提供合同（至少其中一份是正本，其余的可以是复印件，但要加盖公章）、“进料耗料清单”供其存底。
2、 办理手续时，需向海关提交企业委托其办理海关业务的委托书和其个人身份证复印件（加盖单位公章）。
3、 将合同录入电脑，上网传输到商务局交其审批。
4、 商务局审批后，工厂在网上打印《加工贸易业务批准申请表》、《进口料件申请备案清单》、《出口成品申请备案清单》、《出口制成品及对应进口料件消耗备案清单（1）》各1份交商务局。(仅需一份)
5、 到商务局贸管科领取盖有“商务局加工贸易业务审批专用章”的《加工贸易业务批准证》、《进口料件申请备案清单》、《出口成品申请备案清单》、《出口制成品及对应进口料件消耗备案清单（1）》，办几本手册就一式几份。
6、 按照合同及《加工贸易业务批准证》的内容填写进料加工登记手册，并在相应位置加盖单位公章，交商务局审批并盖“商务局加工贸易业务审批专用章”。
7、 向商务局递交《加工贸易加工企业生产能力证明》，盖“商务局加工贸易业务审批专用章”后，商务局存1份，工厂取若干份（数量与办手册数量相同）凭以向海关办理手续。
8、 将商务局审批后的手册交国家税务局签署“同意办理”字样并加盖税务局公章。(此步骤好象现在不用了)
9、 交报关行进行手册办理预录入。
10、 往海关加工贸易管理科办理手册。递交《加工合同备案申请表》（每本手册一份表，要填预录入号）、合同等。
11、 如果一个合同要办理若干本手册，还要递交办理多本手册的说明报告。
12、 向海关递交加盖公司公章的“生产排料图”和“生产工艺流程”或者类似海关要求的文件，办几本手册就一式几份。另外，又按手册本数每手册提交各一份供海关存档。
13、 海关经过3级审批后，开具《银行保证金台帐开设联系单》交经办人前往中国银行国际结算部办理设立加工贸易进口料件保证金台帐，取回《银行保证金台帐登记通知单》，将白色海关联交回海关。
(如果需要办理分册,还将继续下列程序)
14、 交报关行进行出口分册办理预录入。
15、 向海关递交办理分册的报告，填写《加工贸易（异地报关、深加工结转）分册申请表》递交海关办理出口分册及合同
不是，《加工贸易手册》只是从事加工贸易的企业要办的，用于免税进口料件，生产为成品后再出口。
加工贸易合同备案
（一）申请备案的条件：
1、加工贸易经营企业必须是具有进出口经营权的各类进出口企业和外商投资企业，以及经批准获得来料加工经营许可的对外加工装配服务公司；
2、加工贸易加工企业必须是具有法人资格的生产企业，以及由经营企业设立的虽不具有法人资格，但实行相对独立核算并已经办理工商营业证（执照）的工厂；
3、经营企业和加工企业必须已经在海关注册登记；
4、申请备案的加工贸易合同已经由商务主管部门审核批准。
（二）申请备案时应提交的文件：
1、商务主管部门签发的有效的《加工贸易业务批准证》（1万美元以下的进口辅料除外）；
2、经营企业自身有加工能力的，应当提交其商务主管部门签发的《加工贸易加工企业生产能力证明》（企业在《加工贸易加工企业生产能力证明》有效期内再次备案的，可提供加盖企业印章的复印件）；
3、经营企业委托加工的，应当提供加工企业所在地县级（含）以上商务主管部门签发给加工企业的《加工贸易加工企业生产能力证明》（企业在《加工贸易加工企业生产能力证明》有效期内再次备案的，可提供加盖企业印章的复印件）；
4、国税部门备案证明（来料加工除外）；
5、经营企业签订的加工贸易合同；
6、经营企业委托加工的，应当提交经营企业与加工企业签订的委托加工合同；
7、加工贸易进出口商品国家有限制性规定的，需提供对口主管部门的许可证件；
8、加盖企业印章的空白加工贸易登记手册；
9、《加工合同备案申请表》；
10、《进口料件备案申请表》；
11、《加工出口成品备案表》；
12、《单耗备案申请表》；
13、经预录入的“企业加工合同备案呈报表”；
14、产品生产工艺流程；
15、为确定单耗和损耗率所需的资料；
16、从事异地加工贸易合同备案，还应提供经营企业主管海关签注意见的《中华人民共和国海关异地加工贸易申请表》；
17、海关认为需要提交的其他证明文件和材料。
（三）备案办理程序：
1、材料受理 申请人向海关递交材料。海关受理后进行初审。
2、海关审核 海关根据规定审核企业的加工贸易合同和各项资料是否符合国家和海关的有关规定。
3、设立台账 经海关审核通过的合同，需到中国银行设立银行保证金台账（AA类企业的所有合同，A、B类企业一万美元以下的合同除外）。
4、核发手册 按规定已设立银行保证金台账或不需设立台账的合同，由主管海关核发加工贸易登记手册，企业凭以办理加工贸易货物的进出口手续。
（四）办理时限： 自出具《受理通知书》起五个工作日内。