与10.0没有大的区别，主要有：一是报关单号要填写全部的号码，原来是后面9位+0+2位项号，11.0要求海关报关单号，满21位，采用[18位报关单+0+2位项号]，请注意项号的输入（20、21位输入01。。。）。二是在系统维护--系统配置--系统参数设置与修改---业务方式--采用[18位报关单+0+2位项号]规则申报的日期：系统为2011.6.1，改为2011.09.01（各地要求可能不一样）。
只要注意这二点就基本可以了。
每家企业的情况其实是不一样的，贸易模式不一样、报关模式不一样、需求不一样，业务类型也不太一样，所以都是要具体情况具体分析。
大多数采用适合加工贸易企业使用的报关系统有金关二期账册系统、金关二期手册系统、以企业为单元新联网监管电子账册系统、深加工结转系统、外发加工管理系统、内销管理系统等等。一般贸易的话就相对简单点，有一般贸易软件。企业要对应自己的进出口贸易模式以及业务等等，合适地选择报关软件，同时考虑软件的功能口碑、稳定性以及预算等。