按照报关单上的出口日期开始90天内，需做完所有的外管局核销和出口退税申请。与认证无关，认证只是要在开票日期后的90天内认证完就可以，但完成认证后，主管税务机关一般需要二个月才能在系统中查到信息进行交单退税。所以，办理发票认证越早越好。
根据《国家税务总局关于发布的公告》(国家税务总局公告2012年第24号)规定:外贸企业发生原记入出口库存账的出口货物转内销或视同内销货物征税的,以及已申报退(免)税的出口货物发生退运并转内销的,外贸企业应于发生内销或视同内销货物的当月向主管税务机关申请开具出口货物转内销证明。申请开具出口货物转内销证明时,应填报《出口货物转内销证明申报表》,提供正式申报电子数据及下列资料:
(1)增值税专用发票(抵扣联)、海关进口增值税专用缴款书、进货分批申报单、出口货物退运已补税(未退税)证明原件及复印件;
(2)内销货物发票(记账联)原件及复印件;
(3)主管税务机关要求报送的其他资料。
外贸企业应在取得出口货物转内销证明的下一个增值税纳税申报期内申报纳税时,以此作为进项税额的抵扣凭证使用。
外贸企业出口退税系统的认证发票信息如何查
法律主观：
这个问题分两方面来讲。 首先，这种情况本不应出现。因为，按照现行增值税发票管理规定，需要同时具有下列情形的，才符合规定的增值税专票作废条件： 1、收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月; 2、销售方未抄税(所称抄税，是报税前用ic卡或者ic卡和软盘抄取开票数据电文)并且未记账; 3、购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。 对于你公司已经认证通过的发票，开具方一般是作废不了的。但如果真的发生了这种销售方违规作废发票的问题，你作为购买方(发票接受方)就只能对相应的进项税额作转出处理。当然，你公司应与对方单位联系，查明原因，再作出相应的善后处置。 购方已认证的发票应按规定保管不应退还销方,购方应在开票系统填开并上传《《开具红字增值税专用发票信息表》作进项转出，销方凭带有“红字发票信息表编号”的《信息表》开具红字发票，然后重新开具蓝字发票给购方。 对于销方违规作废的发票，税务机关通过“抵扣凭证核查系统”进行监控和调查。 收货方对于作废的情况及后续抄报税及申报的处理不同，购货方也有所不同： 1、如销货方开出发票后，手工在增值税专用发票记账联票面上写了“作废”字样，而防伪税控开票系统中没有作废的操作，且销货方按正常票进行抄税和申报的，购货方取得的发票抵扣联可正常认证抵扣; 2、如销货方开出发票后，在防伪税控开票系统中作“作废”操作，但已通过人工补录后抄报税和通过国税机关门前受理申报并经异常处理的，购货方取得的发票抵扣联可正常认证抵扣; 3、如销货方开出发票后，在防伪税控开票系统中作“作废”操作，且在抄报税和申报时按“作废”票处理的，购货方取得的发票抵扣联已认证的，不得抵扣进项税，也不得退回开票方; 4、如购货方已抵扣进项的，须转出相应进项。由于具体操作涉及销货和购货双方，具体办理时购货方未必能准确了解开票方及开票方主管国税机关的相关操作，故建议出现此类问题时，应将具体情况向主管国税机关反映，由主管国税机关协助核实开票方相关情况后再予处理。 只有严格符合上述三种条件才能作废。在对方将发票作废之后，购买方需要将发票对应的款项做转出处理。事实上根据发票作废情况不同，购买方作出的应变处理也不同，因此要根据实际情况才能进行具体操作。
法律客观：《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三条 发票的基本联次包括存根联、发票联、记账联。 存根联由收款方或开票方留存备查； 发票联由付款方或受票方作为付款原始凭证； 记账联由收款方或开票方作为记账原始凭证。 省以上税务机关可根据发票管理情况以及纳税人经营业务需要，增减除发票联以外的其他联次，并确定其用途。
增值税发票认证信息不应该从出口退税系统中查。
增值税发票认证和外贸企业出口退税系统是两个系统：
1、增值税发票认证目前有三种方式：第一是远程认证，即通过扫描仪把进货增值税发票信息发送到税务机关，税务机关认证后反馈给企业，企业可以在远程认证系统中查看、打印；第二是税务大厅提供手工认证服务，当场可以打印出口认证发票信息；第三种是ARM自助办税终端，企业可以自行在该机器上进行发票认证。
2、当前使用的外贸企业出口退税申报系统（版本已到11.0）首先是一个数据采集软件，负责把企业进货明细、出口明细进行采集、匹配、审核检查，其中的进货明细要依据企业进项增值税发票，而且必须是认证通过的，否则比对不到，影响退税。
如果想在申报系统中查询已录入增值税发票信息，可以通过第六步“确认正式申报数据”--“进货明细申报数据查询”来实现，也可以在确认正式申报数据后，直接打印“出口货物进货明细表”来查看。