一、正文回答
外贸企业出口货物申报出口退税的单据是购进出口货物的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书。如果外贸企业采购的货物是工厂包运的，也就是说工厂销售货物的同时提供运输服务，开具了一张合并的增值税专用发票，此种情况外贸企业运费是可以退税的。
二、分析
相关法律规定，用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产。看到这条规定应明确的是如果出口收入是免税的，那么运费发票时不能用于抵扣的。。实操中如果取得不能用于抵扣的运输费增值税专用发票也是需要进行认证或勾选的，否则会出现滞留票。
三、抵扣进项税额是什么意思？
进项税额扣除是指企业在生产经营的过程中购进原辅材料和销售产品后，应该从产值中扣除的进项税额。进项税是在购买商品时发生的税务，可以用销项税抵扣。如果进项税作为今后几个月的抵税额，那么销项税额过多，应向税务部门缴税。纳税人销售货物、劳务、劳务、无形资产和不动产的，以当期销项税额扣除当期进项税额后的余额为应纳税额。
外贸退税一般是怎么退的，外贸单47万，开增值税票52万，不知这增值票为什么要开这么多？退税可以退13点？
外贸企业出口退税以进货专用发票为依据，要求进项不得抵扣。取得专用发票认证后，直接在增值税申报表附表二的第26、27、28栏填列。对有一些地区可以对该出口退税所用的发票先进行抵扣，然后再做进项转出，这种模式需要征得主管税局同意后方可操作。
根据国税公告201224号的要求，已抵扣的进货发票不得申请退税，因此对于先抵扣再转出的这种操作(上海地区多采用该模式)需要先征得主管税局的认可，否则会有不得退税的风险。(若采用退税勾选的则直接按待抵扣进行申报)。
扩展资料：
准予抵扣：
根据税法规定，准予从销项税额当中抵扣的进项税额限于下列增值税扣税凭证上注明的增值税税款和按规定的扣除率计算的进项税额：
1、纳税人购进货物或应税劳务，从销货方取得增值税专用发票抵扣联上注明的增值税税款。
2、纳税人购进免税农产品所支付给农业生产者或小规模纳税人的价款，取得经税务机关批准使用的收购凭证上注明的价款按10%抵扣进项税额。
3、购进中国粮食购销企业的免税粮食，可以按取得的普通发票金额按10%抵扣进项税额。
4、纳税人外购货物和销售货物所支付的运费(不包括装卸费、保险费等其他杂费)，按运费结算单据（普通发票）所列运费和基金金额按7%抵扣进项税额。
百度百科-进项税额
该批出口货物的不含税金额=增值税票52万/1.17*=44.4445万元万元。
该批出口货物的进项税额=增值税票52万/1.17*17%*17%=7.5556万元。
退税金额=不含税进项税额/17%*13%=5.7785万元（出口退税是按照该批出口货物的进项税额退税的，不是按外贸单金额47万计算的）。