生产开票由A公司来完成，报关单报的确实B公司，要么去改报关单，要么不要被海关和国税查到，否则就是申报不实，有骗税的嫌疑，要罚的.去改改看吧...
也只有去试试看的，当然和报关员说清楚这个情况，写个情况说明书，就说因为公司单证员录入错误，导致报关单生产厂家录错，现申请修改，然后拿着A公司的开的税票，让报关员去改，只有试试看的.
补充回答：因为你要操作的是进料加工业务，这个业务是保税业务；如果你以一般贸易进口，然后将这些物料在国内转卖给工厂，工厂就可以开增值税的货物发票给你；
另外不管怎么开票，出口退税都是按照出口申报金额来计算的。
1、进料加工，是办保税手册的，进口时免缴进口环节税；但是是全额免缴，还是保证金减半征收等形式，要看具体的进口原料和出口产品；
2、接着1的问题，具体的减免率是根据国家的规定来的，海关总署和商务部网站都可以查到最新的进料加工的减免率清单；
3、可以的；
4、工厂直接开加工费发票给你们；
5、以你们出口申报的价格来计算。