目前有两种不同的计算方法：
一种是：当期应退税额=出口货物离岸价格×外汇人民币牌价×退税税率
另外一种是：退税收入＝采购成本÷（1＋增值税率）×出口退税率
两这方法适用范围不同，一是“免、抵、退税办法”；二是“先征后退”
“免、抵、退”税适用于有进出口经营权的生产企业自营或委托出口的自产货物的增值税， 计税依据为出口货物的离岸价，退税率与外贸企业出口货物退税率相同。其特点是，出口货物的应退税款不是全额退税，而是先免征出口环节税款，再抵减内销货物应纳税额，对内销货物应纳税额不足抵减应退税额部分，根据企业出口销售额占当期(1个季度)全部货物销售额的比例确定是否给予退税。
“先征后退”税办法，适用于没有进出口经营权的生产企业委托出口的自产货物。其特点是，对出口货物出口环节照常征收增值税、消费税，手续齐全给予退税。征税由主管征税的国税机关负责，退税由主管出口退税的国税机关负责。
目前，我国企业出口商品主要有生产企业自营（委托）出口和通过外贸出口两种方式，相应地，出口退税形成了生产企业自营（委托）出口与外贸出口两种不同的退税方式。因为生产企业自营（委托）出口与外贸出口计算出口退税有差异，导致二者税负有较大区别，纳税人应结合自身情况，尽可能采用税负低、出口退税多的出口方式。
现行外贸企业出口货物应退增值税税额，依进项税额计算，具体计算公式为：应退税额＝购进货物的进项金额×退税率；对出口货物库存账和销售账均采用加权平均价核算的企业，应退税额＝出口货物数量×加权平均进价×退税率，其退税依据是外贸企业购进出口货物的进价。而生产企业自营（委托）出口应退的增值税是执行 “免、抵、退”或“先征后退”，出口退税的税额取决于出口的离岸价销售收入及其进项税额。
企业采用自营（委托）出口，自行办理出口退税的形式，同把货物销售给外贸企业出口，由外贸企业办理出口退税的形式税负有何差异呢？这两种形式因为在退税方面采用不同的退税方式，由此产生了不同的结果。
例如：某中外合资企业A公司以农产品为原材料生产工业品出口，1999年自营出口20000万元，可抵扣的进项税额为1500万元，该公司自营出口执行先征后退，征税率为17％，退税率为13％，年应纳增值税额为：20000×17％－1500＝1900万元，出口环节应退增值税：20000×13％＝2600万元。征税机关可征增值税1900万元，退税机关应退税2600万元，退税扣减征税后，该企业实际可得到的税收补贴为 700万元。
假设A公司有关联外贸B公司，A公司把产品以同样的价格销售给B公司，B公司再以同样的价格销售到境外，A公司开具增值税专用发票价税合计20000万元，则A公司应纳增值税为：20000÷（1＋17％）×17％－1500＝1406万元，B公司可得到退税：20000÷ （1＋17％）×13％＝2222万元。
税务机关征税1406万元，退税机关退税2222万元，A、B两公司实际可得到的税收补贴为2222－1406＝816万元。
通过以上例子，我们不难发现，同样的外销收入，却产生了不同的结果。从A、B两公司来看，自营出口实际得到的税收补贴是700万元，而通过外贸出口实际得到的税收补贴是816万元，两者相差达到116万元。显然，通过外贸出口对A、B公司更加划算。
出口退税计算方法 出口退税的退税率是，根据出口货物退税计税依据计算应退税款的比例。包括增值税退税率、消费税退税率或单位产品退税额。由于消费税退税率或单位产品退税额与征税完全相同，这里主要介绍增值税退税率。1994年税制改革后，我国出口产品的增值税退税率与征税税率是一致的，但在执行中发现存在少征多退、退税额增长速度远远大于征税增长速度，退税规模超出财政负担能力等问题。为了既支持外贸事业发展，又兼顾财政紧张的实际情况，国务院先后两次调低了出口货物的退税率。自1996年1月1日起(含1月1日)，报关离境的出口货物按照下列税率计退增值税。(1)煤炭、农产品出口退税率为3%;(2)以农产品为原料加工生产的工业品和除煤炭、农产品以外按13%税率征收增值税的货物(如小农具、农药、化肥等)，以及从小规模纳税人收购的符合退税条件的货物(农产品除外)，出口退税率为6%;(3)按17%税率征收增值税的一般工业品，出口退税率为9%;(4)外贸企业委托生产企业加工收回后出口的货物，其支付的工缴费部分的退税率为14%。
有关出口退税计算公式如下：(1)一般贸易、加工补偿贸易和易货贸易出口货物应退税额=计税依据×适用退税率(2)委托加工收回后出口的货物应退税额=原材料金额×退税率+工缴费金额×14%(3)进料加工复出口货物应退税额=计税依据×退税率-销售进口料件应抵减退税额