我们也做过和您这票类似的订单，现结合以前我们的经验，给您提如下建议：
1、工厂、贸易公司和货代最好三方签订一下合同协议，也叫“三方协议”，协议中要明确好三方各自的权利和义务；
2、因为合同是CIP条款，因合同主体为（供货方即工厂），所以该票，货物的运输及其风险主要以工厂承担为主。其他两方，尤其是货代在派船时（租船订舱）或订舱时，应与工厂方结合，双方也有必要签订一个有关运输的代理合同，明确在运输过程中，各自双方应当承担的责任。
3、因为CIP条款，工厂方应严格按照合同订单及条款要求，及时投保，避免不必要的损失。
4、综合以上几点，可以按你最后提的想法（这也是你最主要的想法），由工厂直接和货代签订报关运输合同，由工厂支付给货代相关费用，这样也可以避免外贸公司从中生事，外贸公司只提供一些必须的单据即可，因为必竞工厂是“货主“。
5、如果涉及到签工厂和贷代签协议，不便”外贸公司“参与，你也可以起草两份协议，分别是工厂对其他两方的协议，这也没有关系，但是合同协议的内容一定要考虑的完善，充分考虑合同执行过程中的细节。