根据上述职责，省对外贸易经济合作厅（省人民政府口岸办公室）设18个内设机构：
（一）办公室。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作；承担宣传、信息、保密、信访、政务公开、财务和资产管理、督办等工作。组织研究外经贸发展趋势和重大问题，提出相关政策建议。
（二）规划财务处。
负责编报和组织实施外经贸发展战略、中长期发展规划和外贸年度指导性计划；会同有关部门贯彻落实涉及外经贸的外汇、财税、金融、价格、保险等政策，监测、统计、分析对外贸易宏观运行情况；会同有关部门管理专项资金；负责厅机关及直属单位财务检查和内部审计工作。
（三）政策法规处。
起草有关地方性法规、规章草案；承担有关规范性文件的合法性审核；承办有关行政复议和行政应诉工作；依法承担对经营者集中行为的调查及其他反垄断相关工作；会同有关部门处理涉外知识产权和贸易纠纷；承担协调牵头整顿和规范外经贸市场秩序的相关工作；承担本系统的法制宣传教育工作。
（四）对外贸易发展处。
牵头拟订国际（境外）市场开拓规划；推广电子商务等新型贸易方式；承担协调促进外向型民营企业发展的相关工作；推进出口市场多元化战略的实施；指导和监督境内对外经贸交易会、展览会以及赴国（境）外举办展销会、洽谈会等活动；协调指导对台贸易工作。
（五）对外贸易管理处。
组织实施机电产品以外的进出口商品目录；承担进出口企业经营资格及国际货运代理资格备案工作；依法审核企业申请限制类商品进出口经营资质；组织实施重要工业品、原材料和重要农产品（除粮食、棉花外）进出口计划以及进出口商品配额、关税配额计划；根据授权办理有关进出口许可证事项；协调供应港澳的配额商品工作。
（六）服务贸易处。
牵头拟订服务贸易发展规划、政策，会同有关部门拟订促进服务贸易进出口政策、规划并组织实施；承担服务贸易进出口管理、服务贸易促进和服务贸易统计工作。
（七）机电产品进出口处（省机电产品进出口办公室）。
管理机电产品进口目录；拟订进口机电产品和成套设备的招标办法并组织实施；负责机电产品国际招标的监督、协调；办理授权的许可事项和相关审核工作；承担推动机电产品开拓国际市场的相关工作。
（八）科技发展与技术贸易处。
组织实施科技兴贸战略和国际品牌建设；承担技术进出口和两用物项审批工作；协调促进高新技术和自主品牌企业开拓国际市场；指导本省科技兴贸创新基地建设和外经贸系统科技创新工作；组织落实优化高新技术产品进出口结构等工作。
（九）外商投资促进处。
负责协调和指导本省招商引资、投资促进工作；参与制定本省促进外商投资规划和改善投资环境的政策措施；拟订本省招商引资计划，组织实施重大项目对外招商；负责与境外投资促进机构联系交流。
（十）外资管理处。
参与制定本省外商投资的发展战略、中长期规划，拟订年度指导计划并组织实施；参与拟订外商投资政策和管理规章；会同有关部门拟订并组织实施服务外包发展规划和政策；按省管权限承办限额以内不需综合平衡管理的鼓励类、允许类外商投资项目登记备案与合同、章程的合并办理工作；依照有关规定核准或核报外商投资项目合同章程及法律特别规定的重大变更事项；核发外商投资企业、港澳台投资企业批准证书及省管权限内鼓励类外商投资项目确认证书；依法监督检查外商投资企业执行法律法规和合同、章程的情况并协调解决有关问题；承担外商投资统计工作；组织协调有关部门对外商投资企业进行联合年检。
（十一）加工贸易处。
宏观管理加工贸易工作；负责核准省管权限的加工贸易业务；指导、管理外商投资企业与加工贸易企业的进出口工作；编报和组织实施外商投资企业和加工贸易企业涉及国家实行配额、许可证管理的进出口商品计划；承担加工贸易统计工作。
（十二）开发区管理处。
牵头拟订和组织实施经济技术开发区、保税区、出口加工区等各类经济开发区的发展规划和政策措施，综合协调和指导各类开发区的有关工作；综合研究和分析各类开发区发展中的重大问题，定期向省人民政府和商务部报送有关情况并提出政策建议。
（十三）对外经济合作处。
拟订并组织实施有关对外经济合作和对外援助的发展规划、相关政策和管理办法；依法管理和监督境外投资、对外承包工程、对外劳务合作和设计咨询等对外经济合作业务；审核省内企业对外投资开办企业（金融企业除外）、对外经济合作企业经营资格；承办外派劳务和境外就业人员权益保护相关工作；承担对外直接投资、对外承包工程、对外劳务合作和境外就业统计工作；指导对外援助业务的开展，监督检查本省承担的对外援助项目实施工作。
（十四）进出口公平贸易局。
综合协调本省有关世界贸易组织和自由贸易区事务的具体工作；负责反倾销、反补贴、保障措施和产业损害调查等涉及进出口公平贸易的相关工作；指导和协调对我出口商品的反倾销、反补贴、保障措施及其他贸易救济调查的应诉及相关工作，指导应对国外技术性贸易壁垒；参与调查对进口产品的反倾销、反补贴、保障措施；参与实施贸易救济措施；建立进出口公平贸易、产业损害的预警机制，维护产业安全。
（十五）陆空口岸处。
承担公路、铁路、航空口岸、港澳货运车辆检查场的开设、关闭、调整的审核和管理工作；组织指导陆空口岸查验方法、监管模式改革，承办粤港、粤澳陆空口岸合作事宜；对外贸货运汽车出入境运输实行宏观控制。
（十六）港口口岸处。
承担港口口岸的开设、关闭及调整的审核和管理工作；组织实施港口口岸查验方法、监管模式改革，承办粤港、粤澳港口口岸合作事宜；依法实施本省沿海设立挖砂采石出口作业点及港澳籍船舶进出本省沿海挖砂采石作业点作业的审核；牵头组织共建文明口岸等活动。
（十七）对外交流处。
依法承办境外非企业经济组织在本省设立的常驻代表机构的核准业务；参与全省性对外经贸和口岸的重要外事活动；联系安排领导的外事活动计划和重要来宾的接待工作；指导本系统外事和对外交流工作。
（十八）人事处（与机关党委办公室、离退休人员服务处合署）。
负责机关和指导直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、党群、离退休人员服务、安全保卫等工作；参与实施国际商务职业资格制度；指导外经贸行业商会、协会的工作。
（一）贯彻执行国家和省对外贸易、经济合作、外商投资和口岸管理的方针政策和法律法规，起草有关地方性法规、规章草案，拟订有关政策、规划、计划、管理办法等，并组织实施。
（二）研究、分析国际经贸形势和本省进出口状况，提出总量平衡、结构调整等宏观调控建议，贯彻执行进出口商品配额招标政策及实施办法，组织实施进出口商品配额（除粮食、棉花外）计划，推动电子商务等新型贸易方式的发展，指导外贸促进活动和外贸促进体系建设，规范外贸流通秩序。
（三）依法监督技术引进、机电产品的国际招标，协调管理国家限制出口技术和引进技术出口工作。
（四）牵头拟订服务贸易发展规划并开展相关工作，会同有关部门制定促进本省服务贸易进出口和服务外包发展的规划、政策并组织实施，推动服务外包平台建设。
（五）宏观指导全省外商投资工作，参与制定利用外资的发展战略和中长期规划，依法承担外商投资企业、外商投资项目的审批、审核、核准等工作，指导和管理招商引资、投资促进及外商投资企业的进出口工作。
（六）指导加工贸易工作，会同有关部门组织实施国家有关加工贸易的政策和管理办法，依照有关规定核准省管权限的加工贸易业务，依法监督管理本省加工贸易进出口工作。
（七）负责对外经济合作和对外援助工作，依法管理和监督对外承包工程、对外劳务合作，依法审核省内企业对外投资开办企业（金融企业除外），承办外派劳务和境外就业人员权益保护的相关工作，指导开展对外援助业务，监督本省承担的对外援助项目的实施。
（八）依法办理各类企业的进出口经营资格登记，依法核准境外非企业经济组织在本省设立的常驻代表机构，牵头制定赴境外举办各种外经贸交易会、展览会、展销会、洽谈会和招商活动的管理办法，指导和监督境内外举办的上述活动。
（九）负责口岸开设、关闭、调整的审核上报，综合协调和指导监督各级口岸管理机构的工作，会同有关部门检查处理口岸重大涉外事件和严重违法违纪问题。
（十）综合协调和指导各类经济开发区（不含高新技术产业开发区、产业转移工业园，下同）的规划、建设和管理工作。
（十一）承担组织协调反倾销、反补贴、反垄断、保障措施及其他进出口公平贸易相关工作，综合协调本省有关世界贸易组织和自由贸易区事务的具体工作，依法组织产业损害调查及其他贸易救济措施，指导协调国外对本省出口商品的反倾销、反补贴、保障措施的应诉工作。
（十二）承办省人民政府和商务部、国家口岸主管部门交办的其他事项。