如果外贸代理帮客户出口被查到违禁品，海关可能会采取以下处罚措施：
1.罚款：海关可能会对违规行为进行罚款，以示对其违反法律法规的惩罚。
2.没收货物：如果违规行为导致货物被海关没收，则该货物将被视为无主物，归国家所有。
3.暂停相关业务：海关可能会暂停违规企业的相关业务，以示对其违规行为的惩罚和警示作用。
4.追究刑事责任：如果违规行为涉及到犯罪行为，海关可能会将案件移交给公安机关处理。
具体处罚措施可能因具体情况而异，因此建议企业遵守相关法律法规，避免出现违规行为。
外贸企业购进货物后，必须将所取得的增值税 专 用 发 票在规定的认证期限内到税务机关办理认证手续。凡未在规定的认证期限内办理认证手续的增值税专用发 票，不予抵扣或退税。
外贸企业出口货物，凡未在规定期限内申报退（免）税或虽已申报退（免）税但未在规定期限内向税务机关补齐有关凭证，以及未在规定期限内申报开具《代理出口货物证明》的，自规定期限截止之日的次日起30天内，由外贸企业根据应征税货物相应的未办理过退税或抵扣的进项增值税专用发 票情况，填具进项发 票明细表，向主管退税的税务机关申请开具《外贸企业出口视同内销征税货物进项税额抵扣证明》。